A cet instant, l'Univers a la taille du système solaire, soit environ 10 milliards de kilomètres et sa température a atteint les 10¹³ K. Les quarks se regroupent car ils n'ont plus assez d'énergie pour subsister isolés, à cause de cette baisse de température. L'interaction forte les regroupe en hadrons. Il existe deux types de quarks dans la matière ordinaire : Les quarks Up (U) et les quarks Down (D). 3 quarks forment des baryons et donnent naissance à des protons et les neutrons alors que 3 anti-quarks forment des antibaryons c'est à dire des anti-protons et des anti-neutrons. Lorsqu'un proton et un antiproton se rencontrent, les deux particules se détruisent mutuellement et disparaissent. Leur masse est convertie en énergie sous la forme de deux photons dont l'énergie totale correspond à la masse du couple proton-antiproton. La réaction inverse se produit également. Deux photons qui se rencontrent peuvent ainsi disparaître en donnant naissance à une paire baryon-antibaryon. L'Univers est donc en perpétuelle formation-disparition. L’ère hadronique est une période de grande annihilation de matière et d’antimatière. La fin de cette période marque notamment la disparition des anti-quarks.